醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。
北京同仁醫(yī)院眼底?？片F(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內規(guī)模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領域處于國際前沿。
在科研方面，近年來，在原發(fā)性閉角型青光眼和原發(fā)性開角型青光眼發(fā)病機制和早期診斷方面做出重大成績，其科研成果連續(xù)獲得2013年和2014年國家科技進步二等獎兩項，2012年中華醫(yī)學獎一等獎一項，北京科技進步二等獎一項。同時多人多項目承擔國家和北京市重點科研項目。
角膜塑形鏡門診現(xiàn)設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經驗。
服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。
